國立中興大學奈米科技中心
-本校成立一級單位奈米科技中心，編列追求學術卓越計畫之預算經費，投入研究人力，配合奈米國家型計劃及中部科學園區之成立，追求前瞻性之奈米科技發展。期以奈米科技中心的角度來扮演推廣、研究及教育的角色，積極建立核心技術平台，ㄗ悎掑滿B外研究人力完善的諮詢服務，並?/font>
逢甲大學奈米科技研究中心
-整合校內奈米及微機電科研人才，進行前瞻及創新性研究；結合校卓越計畫，籌建奈米科技研發能量(人才、技術、成果、設備)，爭取政府大型計畫成立中區奈米及微機電共用實驗室。
中正奈米科技學程中心
-整合校內各個特色實驗室以及電機、機械、物理、化工、化學、各系師資來研究設計奈米材料。
國立中央大學光子晶體研究群
--希望藉由中央大學已發展的光子晶體之理論與技術，推動國內相關研究，進而結合其他研究單位之研發能量，組成台灣光子晶體研究團隊，趕上世界光子晶體研究的腳步。
國家理論科學研究中心-物理組
--提升理論物理研究，鼓勵物理與數學領域的合作，提倡區域性及全球性合作研究，以期成為亞太地區最卓越的數學與物理研究中心。
國立中正大學化學暨生物化學系─奈米材料科學實驗室
--由王崇人教授主持，研究奈米材料的合成及材料表面的修改等，並有豐富的教學資源及網站連結
國立中正大學奈米設計與原型中心
--主要研究領域包括奈米材料技術與系統設計與原型兩項
國立交通大學應用化學系─奈米科學實驗室
--由裘性天教授主持，主要是以化學氣相沉積法生長各種有機或非有機材料
中央研究院物理研究所─量子電子實驗室
--由陳啟東博士主持，主要的研究課題為奈米電子元件的開發製作及其物理特性的研究。
國立中興大學精密工程研究所
--主要任務為設立實驗室，整合現有資源，建立精密工程完整之研究所基礎教學環境。
中央研究院原子與分子科學研究所─尖端奈米光學實驗室
--由魏培坤博士主持，主要研究奈米光電子(Nanophotonics)技術的發展與應用
輔仁大學物理系─表面與介面實驗室
--由林更青教授主持，主要研究奈米級材料的物理性質，特別是區域結構與光、電性質間之交互作用。
國立彰化師範大學─毫微米結構暨低溫實驗室
--由吳仲卿教授主持，主要研究以分子磊晶術成長的Ⅲ-Ⅴ族半導體中的低溫及低維的現象
南台科技大學奈米科技研究中心
--提供奈米新知、活動、課程及相關資源連結
國立中興大學材料工程學系─光記錄媒體實驗室
--由何永鈞教授主持，研究課題包括奈米光記錄媒體、非線性光學薄膜等
華梵大學工學院奈米科技中心
--以機械工程學系暨機電工程研究所為主，研究領域集中在微細加工及微光機電系統
東海大學物理系生物物理實驗室
--由丁君毅教授主持，從事奈米生物材質物理性質之研究
東海大學物理系光電材料與元件物理實驗室
--由楊安邦及蕭錫鍊教授主持，研發以掃描碳針顯微術為基礎之奈米光電檢測技術
國立中興大學化學工程學系生物材料研究室
--由徐善慧教授主持，研究方向為奈米材料的生物相容性及其在組織工程上的應用
國立中興大學材料工程學系有機無機奈米高分子實驗室
--由吳宗明教授主持，主攻高分子奈米材料、仿生材料及微結構分析
國立中興大學材料工程學系先進材料實驗室
--由吳威德教授主持，以材料改質、奈米金屬及表面處理為研究重點
國立中興大學材料系奈米技術實驗室
--由薛富盛教授主持，研究方向以材料介面性質、奈米鍍膜製程及微結合分析為主。
成功大學化學系─分子團簇與奈米粒子研究室
--由葉晨聖教授主持，研究金屬錯合物簇的光化學反應，奈米粒子的製備、物性及化性探討與應用
國立東華大學物理學系─掃描探針式顯微鏡實驗室
--由馬遠榮教授主持，從事於奈米科技的研究發展，包含原子力顯微鏡的應用及奈米碳管的製造等
國立交通大學奈米科技中心
--提供相關演講活動、課程與中心成員資訊
清華大學化學工程學系─高分子奈米複合材料實驗室
--由馬振基教授主持，研究領域包括奈米複合材料製程、檢測與應用等
清華大學材料工程學系─奈米及能源材料實驗室
--由戴念華教授主持，研究對象包括奈米碳管、鋰電池及PZT壓電膜等
台灣大學物理系─光電及奈米科學與技術實驗室
--由蔡定平教授主持，研究各類凝態之奈米尺度結構及物理特性，尤其是奈米光子學的研究
中央研究院原子與分子科學研究所─薄膜製程實驗室
--由陳貴賢博士主持，研究各種尖端奈米材料的成長與特性
研究單位